Discusiones sobre su origen

Para los etnomusicólogos franceses Raúl y Margarita D´harcourt quienes realizaron investigaciones de campo en Perú, Bolivia y Ecuador, sostienen que el San Juanito es originario de la Cultura Inca , posiblemente una derivación del Huayno Cuzqueño

Segundo Luis Moreno, y otros autores no aceptan esta hipótesis por las siguientes razones:

· La invasión de los Incas en la zona de origen del San Juanito en lo que hoy es el Cantón Otavalo, donde habitaban los indígenas Caranquis e Imbayas, el sometimiento inca en esta región fue por muy poco tiempo, luego de este suceso, se produjo la invasión española, lo que no da el margen de tiempo para pensar con seguridad que los incas difundieran o establecieran su música en ese lugar.

· Según Cronistas españoles, este tipo de música era ya muy difundida en las regiones andinas desde mucho tiempo atrás de la formación del imperio inca.
· No existe en otras regiones andinas, evidencias de instrumentos autóctonos del Ecuador como el Rondador o similares, en el museo del Banco Central del Ecuador, existen reliquias muy antiguas de el rondador confeccionadas, con plumas de cóndor, instrumento básico para la interpretación del San Juanito que datan de épocas pre hispánicas.
· Como sinónimo existe en la región andina Colombiana, en los departamentos del Huila y Tolima EL SAN JUANERO, ritmo similar al San Juanito pero con características propias, cuyo origen no establece vinculación con la cultura inca, con el antecedente de que parte del departamento de Nariño y del Valle del Cauca, pertenecían antes al Ecuador, los mismos que se separaron al desmembrarse la Gran Colombia.